Не знаю, я первый магаз который сделал на CMS - так он был на OpenCarte и все нормуль. Тут больше уже скорей всего связано с мнением, один знает этот движок и будет поносить другой, особенно это у фрилансеров часто, т.к. хочется переманить клиента и начинают засирать все и вся.
Но как говорит мой знакомый, он реально гуру в программировании, что все эти движки полное г и все у них очень плачевно, так что нормальные разрабы пользуют свои CMS.