"Матрикс" декомпельнул только один файл и "обошёл" форму авторизации на сервере, такого "взлома" недостаточно для полноценной работы. Если быть точнее - программа совсем не будет работать так, как вы ожидаете. На скринах в начале топика видно, что даже юзерагенты не меняются.
По поводу троянов...